Es ist tatsächlich so wie @oboyaci oben schrieb - normalerweise wird der Web Designer nicht auf dem Server ausgeführt, daher werden die Druckerkonfigurationsdateien absichtlich nicht geschrieben. Das liegt aber nicht am Repository sondern war eine bewusste Entscheidung bei der Entwicklung des Web Designers, die häufig Sinn ergibt 
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Ich verstehe, dass das hier jetzt hinderlich ist. Der beste Workaround wäre tatsächlich, den browserbasierten Web Report Designer zu verwenden, der hat diese Einschränkung nicht, da das Backend immer auf dem Server läuft.