Das Problem wird sein, alle Exxx zu extrahieren. Wenn die Zahl endlich ist würde das vielleicht noch über Groups funktionieren.
Ich würde das an Deiner Stelle mit einer benutzerdefinierten Funktion lösen. Der eigentliche Code dazu wäre dann in etwa sowas:
string pattern = @"E\d{3}";
MatchCollection matches = Regex.Matches(input, pattern);
string result = "";
foreach (Match match in matches)
{
result += match.Value + " ";
}
Wie man so eine Funktion baut (die im Beispiel hier was ganz anderes macht, genau den Teil müsstest Du mit dem Code oben ersetzen) siehst Du hier: UTF-8-kodierte Zeichen in QR-Codes darstellen